Cụ thể, đối với doanh nghiệp từ tháng 7/2013 kê khai thuế GTGT theo quý, ngưỡng doanh thu năm làm căn cứ xác định phương pháp kê khai thuế GTGT là tổng chỉ tiêu "Tổng doanh thu của hàng hóa dịch vụ bán ra chịu thuế GTGT" trên Tờ khai thuế GTGT của các tháng 10, 11, 12 năm 2012 , 6 tháng đầu năm 2013 và trên Tờ khai thuế GTGT của quý III/2013.
Doanh thu năm từ 1 tỷ đồng trở lên: áp dụng phương pháp khấu trừ thuế; chưa đến 1 tỷ đồng: áp dụng phương pháp trực tiếp trừ trường hợp tự nguyện phương pháp khấu trừ thuế.
Từ 01/01/2014, doanh nghiệp áp dụng phương pháp trực tiếp không được sử dụng hóa đơn GTGT, nếu không đặt in kịp hóa đơn bán hàng thì có thể mua hóa đơn bán hàng của Cục Thuế trong thời gian tháng 1, tháng 2/2014.
Phương pháp kê khai thuế GTGT được áp dụng ổn định trong thời gian hai năm (2014, 2015) kể cả trường hợp khi thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế xác định ngưỡng doanh thu năm 2013 dưới 1 tỷ.
