Để tháo gỡ khó khăn, vướng mắc cho sản xuất của doanh nghiệp và người dân, cuối năm 2014, Chính phủ đã trình và được Quốc hội thông qua Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, trong đó có thuế GTGT đối với phân bón, thức ăn chăn nuôi - là những mặt hàng thiết yếu phục vụ sản xuất nông nghiệp. Tuy nhiên, vừa qua một số Bộ, Hiệp hội, doanh nghiệp và dư luận báo chí tiếp tục kiến nghị cần phải sửa đổi, hoàn thiện tiếp thuế GTGT đối với các mặt hàng gạo, phân bón và thức ăn chăn nuôi, kể cả việc áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% đối với sản xuất, tiêu dùng các mặt hàng này trong nước...
Cụ thể, đối với mặt hàng gạo, doanh nghiệp kiến nghị chuyển gạo sang áp dụng mức thuế suất 0,5%, 0% hoặc chuyển sang đối tượng không chịu thuế GTGT. Theo Bộ Tài chính, Luật thuế GTGT hiện hành không có quy định về mức thuế suất 0,5%. Việc bổ sung mức thuế suất mới cũng không phù hợp với Chiến lược cải cách thuế GTGT giai đoạn 2011 - 2020 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt là thu hẹp nhóm đối tượng không chịu thuế GTGT, nhóm đối tượng áp dụng thuế suất 5% tiến tới áp dụng một mức thuế suất thuế GTGT thống nhất.
Về đề xuất áp dụng thuế suất 0% đối với mặt hàng gạo sản xuất, tiêu dùng trong nước, Bộ Tài chính cho rằng đề xuất này không phù hợp với nguyên tắc và thông lệ quốc tế về thuế GTGT là mức thuế suất 0% chỉ áp dụng đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu. Hơn nữa nếu áp dụng thuế suất 0% đối với gạo thì phải áp dụng thuế suất 0% ở tất cả các khâu từ trồng trọt, sơ chế, lưu thông thương mại và phải thực hiện hoàn thuế GTGT. Việc này là không khả thi và sẽ không giải quyết được vướng mắc của Hiệp hội Lương thực Việt Nam.
Về kiến nghị chuyển gạo từ đối tượng chịu thuế GTGT với mức thuế suất 5% sang đối tượng không chịu thuế GTGT tại khâu kinh doanh thương mại, theo Tổng công ty Lương thực miền Bắc nếu áp dụng kiến nghị này, giá gạo bán lẻ của doanh nghiệp và hộ tư thương sẽ như nhau và doanh nghiệp cạnh tranh được với những hộ tư thương.
Theo số liệu do Tổng công ty Lương thực miền Bắc cung cấp thì mức chênh lệch giá giữa doanh nghiệp và hộ tư nhân chỉ là 261 đồng/kg nên chi phí tiêu dùng của một hộ gia đình thành thị đối với gạo do doanh nghiệp cung cấp cao hơn so với gạo do hộ tư thương chưa đến 14.500 đồng/tháng. Do đó, giá bán gạo của doanh nghiệp chưa cạnh tranh bằng giá của hộ tư thương cơ bản không có nguyên nhân từ áp dụng thuế GTGT với mức thuế suất 5%.
Từ đó, việc sửa đổi chuyển gạo sang đối tượng không chịu thuế sẽ không có khả năng giúp doanh nghiệp cạnh tranh được với hộ tư thương trong khi việc sửa đổi này không phù hợp với chiến lược cải cách thuế GTGT đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và sẽ không bảo đảm mặt bằng so với những hàng hóa tiêu dùng thiết yếu khác đều đang áp dụng thuế suất 5%.
Từ tình hình trên, Bộ Tài chính đề nghị Hiệp hội, doanh nghiệp thực hiện theo quy định hiện hành.
Đối với mặt hàng phân bón, Bộ Tài chính đề xuất Thủ tướng Chính phủ đồng ý cho Bộ này chủ trì, phối hợp với Bộ Công Thương, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và các đơn vị liên quan tiếp tục theo dõi, rà soát, đánh giá tác động cụ thể của chính sách phân bón không chịu thuế GTGT và báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định việc trình Quốc hội bổ sung dự án Luật sửa đổi, bổ sung thuế GTGT đối với mặt hàng phân bón vào chương trình xây dựng Luật, pháp lệnh của Quốc hội nhiệm kỳ tới.
Đối với mặt hàng thức ăn chăn nuôi, do tác động tổng thể của chính sách thức ăn chăn nuôi không chịu thuế GTGT từ ngày 1/1/2015 là tương đối tốt và phù hợp với thông lệ các nước, Bộ Tài chính đề nghị tiếp tục thực hiện chính sách này.
Sau khi xem xét, Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý với các đề nghị trên của Bộ Tài chính.