Theo đó, người nộp thuế lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn đến cơ quan thuế thông qua một trong các hình thức sau: Đối với hồ sơ khai thuế đã có nội dung khai đề nghị hoàn thuế, thực hiện đồng thời với việc lập và gửi hồ sơ khai thuế điện tử.
Đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế là giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước và các tài liệu kèm theo: Gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, người nộp thuế truy cập vào Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế; thực hiện lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế, ký điện tử và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử đến Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.
Cơ quan thuế sẽ gửi quyết định hoàn thuế hoặc quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách Nhà nước cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc của tổ chức cung cấp dịch vụ truyền nhận dữ liệu điện tử trung gian (T-VAN).
Đồng thời gửi quyết định hoàn thuế và lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước, hoặc quyết định hoàn thuế và lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách Nhà nước cho Kho bạc Nhà nước bằng phương thức điện tử./.