Những điểm mới của Thông tư này là phân chia các nhóm thuốc thành những nhóm đạt GMP của Tổ chức Y tế thế giới hoặc EU, G7 và các nước trong nhóm phát triến, và tách thuốc đông y, y học cổ truyền của Việt Nam theo nhóm khác.
Trong đó, đáng chú ý có 2 loại thuốc chi trả theo ngân sách Nhà nước, BHYT thì được quản lý theo Luật đấu thầu và đấu thầu theo danh mục thuốc. Cụ thể, đối với các tỉnh thì đấu thầu tập trung tại các Sở Y tế. Còn đối với đơn vị trực thuộc Bộ Y tế thì Bộ phân quyền cho các bệnh viện.
Còn loại thuốc không thuộc danh sách Nhà nước chi trả được phân phối trên thị trường thì quản lý bằng tổ liên ngành 3 Bộ (Tài chính – Công thương - Y tế); phối hợp với các tổ chức khác và các DN để kê khai giá theo một khung giá nhất định.
Theo bộ trưởng Bộ Y tế, việc phối hợp quản lý liên Bộ thời gian qua theo phương thức kê giá tỏ ra khá chặt chẽ. “Ở các nước, họ chỉ quản lý đối với thuốc do ngân sách chi trả, như BHYT, còn thuốc ngoài thị trường thì để qui luật thị trường chi phối. Trong khi đó, ở Việt Nam phải quản lý cả thuốc bảo hiểm lẫn thuốc ngoài thị trường" - Bộ trưởng lấy dẫn chứng. Với cách quản lý này, số lượng thuốc quản lý ở Việt Nam lớn hơn rất nhiều so với các nước khác. Chỉ tính riêng thuốc trong danh mục BHYT đã có tới 900 hoạt chất và hơn 11.000 loại thuốc. Ngoài thị trường thì có khoảng 1.500 hoạt chất và 22.000 loại thuốc trong khi ở các nước, với thuốc bảo hiểm thì họ chỉ quản lý 500-700 hoạt chất.
